在罗马帝国的初期，亚历山太原是一个学术中心，尤以哲学研究及宗教和哲学之混合主义（Syncretism）著名。早于二世纪，诺斯底（Gnosticism）著名的领袖，如巴西理得（Basilides）、迦坡加德（Carpocrates）和华伦提努（Valentinus），已在亚历山太展开活动；使徒后期教父（Apostolic Fathers）早期作品中的《巴拿巴书信》（The Epistle of Barnabas），很可能就是写于亚历山太城。

正统的亚历山太学派的文学传统，以亚历山太的革利免（Clement of Alexandria）为始，他原是潘代诺（Pantaenus，约190年卒）的学生。革利免在亚历山太办了一所私立学校，继承了第一世纪犹太人哲学家亚历山太的斐罗（Philo）的路线，希望撮合圣经的启示和希腊的哲学传统。

但以整个亚历山太学派来说，最出名的基督徒学者首推俄利根（Origen）。开始的时候，他设馆授徒；后来德米特里主教（Bishop Demetrius）要求他为受洗的人预备一套教义问答，开始了他的神学工作。稍后，他把基本课程交给赫拉克拉斯（Heraclas）负责，自己则专门教导高级课程，这可算是私立大学的前身了。因着德米特里的反对，逼使他移到该撒利亚。俄利根的思想，透过他的门生神行者贵格利（Gregory Thaumaturgus，约213-270）的努力，终于传到四世纪的加帕多家教父（Cappadocian Fathers）的手中。

俄利根在学术上钻研的问题，一直为亚历山太的主教跟随，直到第三世纪，其中包括赫拉克拉斯和亚历山太的狄尼修（Dionysius of Alexandria，264/5年间卒）；后者又称为大狄尼修，他就文学批评的角度，说明启示录不是出于使徒约翰之手。狄尼修强调三位一体中的三位，是全然有别的，与形态论〔modalism，或译“形相主义”，指三位一体之三位，仅有形式上的区别，并非三个位格；见神格惟一论（Monarchianism）〕相对抗，却为罗马主教狄尼修（Dionysius, Bishop of Rome, 259-268）反对，力言三位是一体，不应强调其分别。大狄尼修对应否接纳在逼迫期间跌倒的人进入教会，立场比较中庸，但就坚持不应为异端再行洗礼（Rebaptism）。

四世纪亚流（Arianism）的争辩，在最早期可说是俄利根两个学派的争辩。亚流（Arius）原为亚历山太的长老，对俄利根神观之次位论（subordinationism，指圣子与圣灵在本质与功用上，皆次于圣父）特感兴趣，因此他倾向按字面意思解释独生子的“生”字。他的承继者、亚历山太的主教亚他那修（Athanasius），则力加反对，认为神圣的三位不应有等级之分，在永恒中亦不能有先后次序之别。

四世纪亚历山太城最出名的教师，是盲者荻地模（Didymus the Blind，398年卒），他是教义问答学派最后一个伟大的学者，虽然四岁就渐渐失去视力，却仍然极为博学。荻地模力倡尼西亚信经（Nicene Creed）的神论，并且引伸到圣灵的范围去。可惜因为他力图为俄利根的思想辩护，遂于553年与俄利根同被君士坦丁堡会议定罪，结果他所写为数不少的教义和释经书籍，就因此被毁。俄利根的思想在亚历山太城，一直是争论的中心；在四至五世纪的时候，最强烈反对他的，要算提阿非罗主教（Bishop Theophilus, 385-412）；他的继承者是亚历山太的区利罗（Cyril of Alexandria）主教，他坚持基督的神圣，因而卷入与涅斯多留（Nestorius）的争辩。区利罗认为圣经除了明文的意义外，还有一种隐藏的意思，在释经书中称之为theoria。

整个亚历山太学派的思想重点，可分为下列四点︰1.教会内教师的地位，和学术自由要被尊重；2.信心与理性（Faith and Reason）的关系；3.圣经的解释（参释经学，Hermeneutics）；4.基督论（Christology）。

1.在亚历山太城，教师虽不在教廷制度之内，却是教会中备受尊崇的人物，这个传统在亚历山太的教会，比别的教会持久。俄利根可说是这个传统中最后一位伟大的教师，他被巴勒斯坦的主教团按立为长老。他与比他前期的革利免（Clement），均强调教会属灵的圣品制度，这种制度是本于对圣经的认识及属灵的气质。在亚历山太城，主教通常都负责智育与行政的工作；赫拉克拉斯、狄尼修和彼得（311年卒）在成为主教前，可能都是教义问答派的领袖，而博学苦修的荻地模，则是个平信徒。

2.亚历山太城的教师最关心的，是使基督教信仰与异教学术能结合起来。革利免尝试把gnosis（原意指知识；参诺斯底主义）纳入正统教义，使之成为一种既忠于教会，又能揉合希腊的智慧、教育，和灵性生命的基督教智慧观。俄利根是个大有学问的人，比早期教会的教师为优，可惜很多人认为他的体系，有许多因素不大能与圣经的教导吻合。在亚历山太城的基督教哲学，是在新柏拉图主义（参柏拉图主义，Platonism）形成时期发展出来的，也混合了新柏拉图主义不少思想在内。

3.要把圣经与希腊学术撮合起来，其中最关键的方法，是寓意释经法，这是一种由斯多亚派（Stoicism），和亚历山太城的学者发展出来的方法。斐罗是亚历山太城的哲学家，他就是用这方法，来解释犹太人的圣经。俄利根认为圣经一共有三层意思︰历史的、道德的和寓意的（亦即是灵意的）。后来学者就是本于他不同的用词，把圣经四个层面的解释系统化︰字面的意思、寓意的意思、道德的意思，和灵意的意思。荻地模和区利罗则只分作两种解释︰字意的和属灵的；启示圣经的圣灵，会引导解经家进入隐藏的属灵意义。

4.俄利根的思想，使后来的学者更容易认识圣父、圣子、圣灵的神性地位，但他却清楚地把三者划分开来；亚他那修则强调这三位是同一位神。亚历山太学派有一个共同的强调点，是基督的神性地位。“道成了肉身”（约一14）是他们的钥节；为此缘故，亚历山太的区利罗和他的后人，反对安提阿学派（Antiochene Schoo）将基督的神性和人性分开，认为基督的神性和人性，是相连于同一位格（person）内，而二者都是在“道”之下运作。亚历山太学派认为马利亚（Mary）是theotokos（神之母），后来区利罗就以此来反对涅斯多留。他们就是与安提阿学派为基督论争辩的时候，仍然强调成为肉身之道的合一，因为他们明白那是维护尼西亚信经，和反对亚流的惟一可行之法。基督的合一，不单成了亚历山太学派基督论的特色，也是他们解释福音书的方法。他们强调基督位格的合一固然功不可没，却因单一方面的强调，反为后来兴起的基督一性说（Monophysitism）预备道路，他们宣称自己的神学思想，就是来自亚历山太之区利罗。